NewYork Paris Hà Nội Khách thứ :

NIỀM TIN TƯƠNG LAI

     

Thế giới đang hướng về nền kinh tế sinh học

1. Tổng quan về nền kinh tế sinh học
Trong vòng hai mươi năm tới, dân số toàn cầu ước tính sẽ tăng tới 28%, từ 6,5 tỷ năm 2005 lên 8,3 tỷ người và thu nhập bình quân đầu người toàn cầu sẽ tăng 57%, từ 5.900 USD năm 2005 lên 8.600 USD. Dân số lớn hơn và có tác động mạnh hơn sẽ làm tăng nhu cầu về các dịch vụ y tế nâng cao chất lượng cuộc sống và kéo dài tuổi thọ của con người, cũng như nhu cầu về các tài nguyên thiết yếu như: thực phẩm, thức ăn chăn nuôi, sợi để sản xuất quần áo và đồ sinh hoạt, nước sạch và năng lượng.
Để đáp ứng nhu cầu tương lai, khai thác tài nguyên thiên nhiên trong tương lai sẽ cần phải tăng nhanh hơn so với trước đây. Thế nhưng cách thức mà loài người sử dụng và khai thác tài nguyên thiên nhiên đang gây áp lực lên sự bền vững của hệ sinh thái của Trái đất. Dự án Đánh giá Hệ sinh thái Thiên niên kỷ ước tính rằng 60% của 24 hệ sinh thái chính trên Trái đất hỗ trợ đời sống của loài người - trong đó có các sông hồ, các ngư trường đại dương, rừng, chất lượng không khí và các hệ cây trồng - đang “bị xuống cấp hoặc sử dụng không bền vững”. Một nghiên cứu về nguồn cá dự báo sự cạn kiệt toàn cầu vào năm 2048 của tất cả các nguồn cá đại dương hiện đang được khai thác nếu không có những thay đổi đáng kể trong quản lý đánh bắt cá. Ngoài ra, biến đổi khí hậu sẽ gia tăng sức ép lên các hệ sinh thái.
Các giải pháp cho những thách thức được đặt ra bởi biến đổi khí hậu, hệ sinh thái xuống cấp, nghèo đói và sức khỏe cộng đồng toàn cầu sẽ đòi hỏi những đổi mới trong lãnh đạo trên phạm vi toàn cầu, chính sách đổi mới, các sáng kiến kinh tế và tổ chức hoạt động kinh tế. Một giải pháp thiết yếu, như đối với những cuộc khủng hoảng trước đây mà loài người phải đối phó với mối đe dọa khan hiếm tài nguyên, là đổi mới công nghệ để tạo ra các nguồn tài nguyên mới và cho phép sử dụng hiệu quả các tài nguyên hiện có.
CNSH có thể cung cấp những đổi mới công nghệ như vậy. Nó có thể cải thiện nguồn cung và sự khai thác bền vững trên khía cạnh môi trường về thực phẩm, thức ăn chăn nuôi, sản xuất sợi, cải thiện chất lượng nước, cung cấp năng lượng tái tạo, cải thiện sức khỏe của người, động vật và giúp duy trì sự đa dạng sinh học bằng việc phát hiện các loài xâm hại. Thế nhưng CNSH có thể sẽ không phát huy tiềm năng của nó nếu không có những chính sách thích hợp ở quy mô khu vực, quốc gia và toàn cầu để hỗ trợ phát triển và ứng dụng chúng.
1.1. Kinh tế sinh học là gì?
Theo tài liệu của OECD, nền kinh tế sinh học có thể được xem như là một thế giới, trong đó CNSH đóng góp một phần đáng kể vào sản lượng kinh tế. Sự nổi lên của nền CNSH sẽ mang tính toàn cầu và được dẫn dắt bởi các nguyên lý phát triển bền vững và sự bền vững môi trường (xem Hộp 1). Nền kinh tế sinh học gồm 3 thành phần: kiến thức về CNSH, sinh khối tái tạo, và những ứng dụng tích hợp liên ngành.

Nền kinh tế sinh học và phát triển bền vững
Phát triển bền vững đòi hỏi duy trì các yếu tố hỗ trợ cho đời sống và xã hội. Điều này đòi hỏi sự bảo tồn lâu dài, trong điều kiện tốt: (1) các yếu tố môi trường cơ bản cho sự sống, như đa dạng sinh học, nước uống sạch, không khí sạch, đất đai mầu mỡ và khí hậu ôn hòa; (2) các nguồn tái tạo như nước, gỗ, thực phẩm và cá; và (3) các năng lực công nghệ để phát triển các dạng thay thế cho sự suy giảm các nguồn tài nguyên không tái tạo được, như các loại khoáng chất, đá phốt phát và dầu mỏ, hay quản lý các thách thức khác, chẳng hạn như biến đổi khí hậu.
Phát triển bền vững phụ thuộc vào tăng trưởng kinh tế duy trì sự bền vững môi trường. Điều này đòi hỏi phải tách rời tăng trưởng kinh tế khỏi suy thoái môi trường. Bước thứ nhất là giảm số lượng tài nguyên được sử dụng và khối lượng ô nhiễm sinh ra để sản xuất ra một đơn vị sản phẩm kinh tế. Phân tích vòng đời có thể giúp xác định các công nghệ sản xuất hiệu quả môi trường nhất. Tuy nhiên, về lâu dài, tăng trưởng kinh tế cần không chỉ giảm sự hủy hoại môi trường xuống bằng không, mà còn phải phục hồi đất, nước và không khí đã bị hủy hoại.
CNSH có thể hỗ trợ phát triển bền vững bằng cách nâng cao hiệu quả môi trường của lĩnh vực sản xuất sơ cấp, chế biến công nghiệp, giúp phục hồi đất và nước bị hủy hoại. Các thí dụ bao gồm việc sử dụng phương pháp sinh học để loại bỏ các chất độc hại khỏi nước và đất, các giống cây cải tiến cần cày xới ít hơn (giảm xói mòn đất) hay cần ít phân bón và thuốc trừ sâu hơn (giảm ô nhiễm nước), lấy dấu gen để quản lý nguồn cá tự nhiên và ngăn chặn sự suy giảm của chúng, và các ứng dụng CNSH công nghiệp có thể giảm phát thải khí nhà kính từ quá trình sản xuất hóa chất.
Nguồn: Diamond, 2005; Hermann et al., 2007; IAASTD, 2009

Yếu tố đầu tiên cần phải làm là sử dụng các kiến thức CNSH để phát triển các quy trình mới sản xuất hàng loạt sản phẩm, bao gồm các dược phẩm sinh học, các vắc-xin tái tổ hợp, các giống cây và con mới và các enzym công nghiệp. Các kiến thức này bao gồm sự hiểu biết về ADN, ARN, các protein và enzym ở cấp phân tử; hiểu biết các cách thức điều khiển tế bào, mô, các cơ quan của cơ thể hay toàn bộ sinh vật; và tin sinh học để phân tích bộ gen và protein. Sự phát triển của các kiến thức này đòi hỏi nghiên cứu và phát triển (NC&PT) và đổi mới một cách tích cực.
Yếu tố thứ hai là sử dụng sinh khối tái tạo và các quy trình sinh học hiệu quả để đạt được sự sản xuất bền vững. Sinh khối tái tạo có thể thu được từ các nguồn sơ cấp như các cây lương thực, cỏ, cây cối và tảo biển; và từ các phế thải nông, công nghiệp và sinh hoạt như phần rau quả bỏ đi, mùn cưa, dầu thực vật đã sử dụng, rác và rơm. Các quy trình sinh học có thể chuyển hóa các nguyên liệu này thành nhiều loại sản phẩm, gồm  giấy, nhiên liệu sinh học, chất dẻo và hóa chất công nghiệp. Theo cách khác, một số sản phẩm này còn có thể được sản xuất trực tiếp bằng các loại tảo biến đổi gen và vi sinh vật, mà không cần đến nguồn sinh khối.
Yếu tố thứ ba là sự kết hợp giữa kiến thức và ứng dụng, dựa trên những kiến thức cơ bản và các chuỗi kiến thức giá trị gia tăng xuyên suốt các ứng dụng.
Có 3 lĩnh vực ứng dụng chính cho CNSH : sản xuất sơ cấp, y tế và công nghiệp. Sản xuất sơ cấp bao gồm tất cả các tài nguyên thiên nhiên sống, chẳng hạn như rừng, cây ngũ cốc, vật nuôi, côn trùng, cá và các nguồn tài nguyên biển. Các ứng dụng y tế bao gồm dược phẩm, chẩn đoán, dược phẩm dinh dưỡng (nutraceuticals) và một số thiết bị y tế. Các ứng dụng công nghiệp bao gồm hóa chất, chất dẻo, enzym, khai thác mỏ, giấy và bột giấy, nhiên liệu sinh học và các ứng dụng môi trường như các phương pháp sinh học để làm sạch đất ô nhiễm.
Vào giữa thập kỷ thứ nhất của thế kỷ 21, CNSH chiếm dưới 1% GDP của các nước OECD. Trong khi đó, giá trị kinh tế tiềm năng của CNSH có thể lớn hơn rất nhiều. Năm 2004, sản xuất sơ cấp, y tế và các ngành công nghiệp hoặc đã sử dụng sinh khối hoặc có những ứng dụng CNSH hiện tại hoặc tiềm năng đã chiếm tới 5,6% GDP của EU và 5,8% GDP của Mỹ. Để so sánh, ngành công nghệ thông tin và truyền thông chiếm 7,4% GDP của Mỹ năm 2004.
Tiềm năng kinh tế của CNSH có thể được tăng lên thông qua hiệu quả kinh tế nhờ quy mô và phạm vi, làm tăng hiệu quả của nghiên cứu và ứng dụng. Với vài trò là công nghệ nguồn, nghiên cứu trong CNSH tạo ra các công cụ và phát minh sử dụng đa mục đích. Một ví dụ là lập trình tự bộ gen, đã được sử dụng để xác định các mục tiêu dẫn thuốc ở người, các gen hữu ích có giá trị thương mại ở các cây nông nghiệp và các gen ở các vi sinh vật có các ứng dụng công nghiệp. Một ví dụ khác là tin sinh học, đã được sử dụng để phân tích các cơ sở dữ liệu lớn về gen, protein và các cơ sở dữ liệu khác ở tất cả các lĩnh vực ứng dụng.
Tuy vậy, không phải mọi phát minh đều hữu ích trong mọi lĩnh vực. Việc sử dụng dược gen học (pharmacogenetics) hầu như mới chỉ giới hạn trong phạm vi sức khỏe của con người. Phạm vi sử dụng của các phát minh thường giảm dần khi nghiên cứu tiến gần hơn tới những ứng dụng thị trường. Tuy nhiên, có một số trường hợp khi những phát minh được phát triển cho một ứng dụng lại được sử dụng cho một mục đích hoàn toàn khác. Sự kết hợp chéo của những ứng dụng nghiên cứu và các chuỗi giá trị gia tăng có thể dẫn đến hiệu quả cao hơn và đạt quy mô kinh tế của ứng công nghệ cho mục đích thương mại. Mãi đến gần đây, việc sử dụng CNSH trong một ứng dụng hiếm khi được kết hợp với việc sử dụng nó ở một ứng dụng khác. Trên thực tế, mức độ kết hợp đã giảm theo thời gian. Khoảng cuối thập kỷ 80 và giữa thập kỷ 90, một số tập đoàn lớn, gồm có Monsanto, Novartis và Zeneca, đã tự cho mình là những hãng “khoa học sự sống” để khai thác những kết hợp trong ứng dụng nghiên cứu CNSH chéo giữa nông nghiệp và dược phẩm. Chiến lược này thất bại bởi những khác biệt về thị trường, văn hóa và cơ cấu trong 2 lĩnh vực ứng dụng này. Rốt cuộc, các tập đoàn này đã tách các hoạt động kinh doanh của họ thành các hãng công nghiệp, y tế và nông nghiệp độc lập.
Những sự phát triển gần đây đã tăng mức độ tích hợp chéo giữa 2 lĩnh vực ứng dụng chính này. Ví dụ, việc sản xuất enzym cho các hóa chất tinh khiết của các hãng công nghiệp để sử dụng trong ngành dược phẩm, đã cải thiện các giống cây trồng cho nhiên liệu sinh học và sản xuất chất dẻo sinh học, việc sản xuất các dược phẩm sinh học đại phân tử trong các cây trồng biến đổi gen, việc sử dụng các vắc-xin tái tổ hợp và chẩn đoán sinh học trong nông nghiệp, và các thực phẩm chức năng và dược phẩm dinh dưỡng được hy vọng cải thiện sức khỏe. Sản xuất sơ cấp, như một nguồn sinh khối và như một cỗ máy sản xuất hóa chất giá trị cao, có thể sẽ đóng vai trò trung tâm trong việc tích hợp các ứng dụng CNSH. Thí dụ, sử dụng CNSH để tạo ra các giống cây cải tiến cho nhiên liệu sinh học sẽ kết hợp sản xuất sơ cấp với sản xuất công nghiệp, còn sản xuất dược phẩm ở thực vật sẽ liên kết các ngành dược phẩm với nông nghiệp.
1.2. Dự đoán về nền kinh tế sinh học đang nổi
Có hai tính chất của CNSH khiến cho lĩnh vực công nghệ này khác với nhiều công nghệ khác, góp phần nâng cao khả năng dự đoán của các nhà nghiên cứu về tương lai của nền kinh tế sinh học. Thứ nhất, các yêu cầu điều tiết đối với một số CNSH trong nông nghiệp và y tế. Những yêu cầu này cung cấp dữ liệu có thể được sử dụng để dự báo những gì sẽ có thể được đưa ra thị trường trong vòng 7 năm tới. Đặc tính thứ hai là CNSH thường xuyên được sử dụng như là một quy trình công nghệ để làm ra các sản phẩm đang tồn tại, chẳng hạn như nhiên liệu, chất dẻo và giống cây trồng. Nó cũng có thể được sử dụng để sản xuất một sản phẩm hoàn toàn mới ví dụ như các loại thuốc chữa trị ung thư. Đối với tất cả ví dụ này, vấn đề cần phải giải quyết đã được biết trước. Chúng gồm các vấn đề bệnh tật, các loại giống cây có thể nâng cao sản lượng nông nghiệp và các loại sản phẩm công nghiệp có thể thay thế bằng sinh khối. Ngoài ra, quy mô thị trường tiềm năng cho những sản phẩm như nhiên liệu sinh học và thuốc chống ung thư có thể ước tính được với mức độ chính xác thỏa đáng.
Tuy nhiên, những đột phá khoa học có thể tạo ra ứng dụng thành công mô hình kỹ thuật sinh học tổng hợp, dẫn đến việc sản xuất các hợp chất mới vẫn chưa thể dự đoán được trước năm 2030, với những ứng dụng và thị trường không thể lường trước.
2. Hiện trạng của nền kinh tế sinh học hiện nay
CNSH hiện nay được sử dụng trong sản xuất sơ cấp, y tế và công nghiệp. Các công nghệ nền tảng như biến đổi gen, sắp xếp gen, tin sinh học và kỹ thuật đường trao đổi chất đã có các lợi ích thương mại trong một số lĩnh vực ứng dụng. Các ứng dụng chính hiện tại của CNSH trong sản xuất sơ cấp là trong lĩnh vực trồng trọt, chăn nuôi và chẩn đoán bệnh, và một số ít ứng dụng trong lĩnh vực thuốc thú y. Các ứng dụng đối với lĩnh vực chăm sóc sức khoẻ con người gồm liệu pháp học, chẩn đoán, dược gen học nhằm cải tiến các phương pháp chẩn bệnh, thực phẩm chức năng và dược phẩm dinh dưỡng và một số thiết bị y tế. Các ứng dụng công nghiệp gồm việc sử dụng các quy trình CNSH để sản xuất hoá chất, chất dẻo, các enzym, các ứng dụng môi trường như xử lý ô nhiễm bằng phương pháp vi sinh và cảm ứng sinh học, các phương pháp làm giảm hiệu ứng môi trường hoặc giảm chi phí của việc khai thác tài nguyên; sản xuất nhiên liệu sinh học. Một số ứng dụng, như sinh dược phẩm, chẩn đoán trong ống nghiệm (in vitro diagnostics), một số dạng cây lương thực biến đổi gen, các enzym được coi là các công nghệ tương đối "chín muồi". Một số các ứng dụng khác có khả năng thương mại hạn chế nếu không nhận được sự hậu thuẫn của chính phủ (ví dụ như nhiên liệu sinh học và khai mỏ sinh học) hoặc vẫn đang trong giai đoạn thí nghiệm, ví dụ dược phẩm tái phục hồi và các liệu pháp y tế dựa trên can thiệp RNA.
2.1. Các công nghệ nền tảng
Các công nghệ nền tảng, ở đây được hiểu là các công cụ và các kỹ thuật nghiên cứu chính đối với lĩnh vực CNSH hiện đại, được sử dụng cho cả NC&PT và ở hầu hết các ứng dụng CNSH. Hiện tại, các công nghệ quan trọng nhất trong lĩnh vực này là thông tin di truyền và biến đổi gen (GM). Biến đổi gen, được thực hiện vào đầu thập niên 70 của thế kỷ trước, bao gồm việc chèn một hoặc nhiều đoạn gen của một sinh vật này vào ADN của một sinh vật khác, thường nhằm để tạo ra một đặc điểm di truyền mong muốn. Mặc dù công nghệ này từng rất phức tạp và chỉ thực hiện trong phòng thí nghiệm, các tiến bộ trong việc khuếch đại các dải ADN (sử dụng phản ứng chuỗi polymerase, hay PCR) và sự phát triển của các phương pháp truyền gen mới (ví dụ các súng bắn gen) đã khiến cho kỹ thuật này trở nên phổ biến. Biến đổi gen hiện đang được sử dụng trong rất nhiều các ứng dụng CNSH khác nhau.
Một công nghệ nền tảng mới nổi được sử dụng để điều chỉnh chức năng của gen là kỹ thuật Gây nhiễu RNA (RNAi). Kỹ thuật này bao gồm việc bão hoà các tế bào bằng các đoạn RNA dải kép làm tắt (hoặc bật) các gen mục tiêu. Hiện tại chưa có ứng dụng thương mại nào của RNAi đối với việc làm câm gen, nhưng một số liệu pháp y tế dựa trên RNAi đang được thử nghiệm lâm sàng.
Các công nghệ quan trọng khác gồm phân tích chức năng tế bào (trao đổi chất) và cấu trúc của các phân tử tế bào, proteomics (hệ protein học) và ADN. Proteomics gồm việc xác định và phân tích chức năng hoàn chỉnh của các protein trong một sinh vật. Kỹ thuật này phức tạp hơn kỹ thuật hệ gen bởi vì các protein có thể được biến đổi nội bào.
Sắp xếp ADN xác định trật tự của các nucleotide (chuỗi cơ sở) trong một phân tử ADN. Đây là bước chủ chốt trong việc phát hiện các gen cấu trúc và chức năng. Một khi xác định được chuỗi tham khảo của một gen, thì thông tin này có thể được sử dụng để xác định các sai sót trong việc mã hoá di truyền của các cá thể. Hiệu quả của các công nghệ sắp xếp gen, được đo bằng số lượng các cặp cơ sở có thể được sắp xếp bởi một kỹ thuật viên trong một ngày, đã tăng gấp 500 lần trong thập kỷ qua, với chi phí giảm mạnh. Hiện có một phạm vi ngày càng tăng các công nghệ sắp xếp gen, từ các công nghệ dựa vào PCR để khuếch đại vật liệu di truyền trước khi chúng có thể được sử dụng cho tới những công nghệ đòi hỏi một phân tử đơn để xác định chuỗi gen của nó. Công nghệ ADN micro array (cùng một lúc đo được nhiều mẫu phân tích) cho phép các nhà nghiên cứu xác định các gen đã biết của con người, động vật, thực vật và côn trùng. Những công nghệ này mở ra rất nhiều ứng dụng trong lĩnh vực xét nghiệm.
Tin sinh học (Bioinformatics) bao gồm việc xây dựng và phân tích các cơ sở dữ liệu chứa thông tin về các bộ gen, protein và các quy trình tế bào phức hợp khác. Có nhiều ngân hàng sinh học đã được thành lập ở một số nước để thu thập dữ liệu di truyền và các dữ liệu khác về một số lượng lớn các cá thể. Phân tích các cơ sở dữ liệu về các hệ gen của người, động vật và thực vật sẽ có thể mang tới những hiểu biết tốt hơn về các chức năng gen và cải thiện việc phòng ngừa, chẩn đoán và chữa trị nhiều loại bệnh tật.  
Sinh học tổng hợp (synbio) đang nổi lên với vai trò là một lĩnh vực mới về cải tiến vi sinh vật, dựa trên một phương pháp kỹ thuật cho phép "chế tạo và xây dựng các bộ phận, thiết bị và các hệ thống sinh học mới và tái thiết kế các hệ thống sinh học tự nhiên, đã có cho các mục đích sử dụng". Mục tiêu của synbio là nhằm tăng năng lực sinh học bằng cách chế tạo một hệ thống tế bào cho một chức năng riêng biệt, vì vậy loại trừ được việc sản sinh các sản phẩm không mong muốn làm phí tổn năng lượng của tế bào. Một kỹ thuật nằm trong lĩnh vực synbio gồm biến đổi các con đường trao đổi chất của một sinh vật, ví dụ tập hợp các phản ứng hoá học mà nhờ đó một sinh vật sống hoặc một tế bào có thể tự duy trì. Mục đích là nhằm khiến cho tế bào hoặc sinh sản ra một chất mong muốn hoặc tiêu thụ một chất (ví dụ để phục hồi môi trường). Kỹ thuật đường trao đổi chất đã được sử dụng, ví dụ, để phát triển các vi sinh vật có khả năng sản sinh ra các polime polyhydroxybutyrate (PHB) và propanediol (PDO). Một ứng dụng tiềm năng nữa của synbio đó là đối với các cảm ứng sinh học. Gần đây, một bộ cảm ứng sinh học có khả năng dò ra asen trong nước, đã được trường đại học Edinburgh của Anh phát triển bằng cách sử dụng synbio. Các thiết bị có khả năng dò ra sự hình thành màng sinh học là nguyên nhân gây ra sự nhiễm trùng và tắc nghẽn trong ống thông đường tiểu, cũng đang trong quá trình phát triển.
Việc xây dựng một “tế bào cực nhỏ” hoặc một “bộ gen nhân tạo” là chủ đề chính của nghiên cứu synbio. Việc này có thể thực hiện được hoặc bằng cách sử dụng một bộ gen tổng hợp hoàn toàn sau đó chèn nó vào một tế bào có ADN nguyên gốc đã được loại bỏ, hoặc bằng cách xây dựng một tế bào nhân tạo từ các thành phần sinh học được thiết kế trước. Năm 2007, Phòng Thương hiệu và Sáng chế Mỹ đã cấp sáng chế cho Viện J.Craig Venter về bộ gen vi khuẩn nhân tạo hoàn chỉnh đầu tiên. Nghiên cứu này hiện đang trong quá trình chèn bộ gen nhân tạo này vào một tế bào vi khuẩn sống.
2.2. Các ứng dụng của CNSH trong sản xuất sơ cấp
CNSH hiện đại được sử dụng trong sản xuất sơ cấp để phát triển các loài thực vật và động vật mới có những đặc điểm di truyền được cải tiến, các công cụ chẩn đoán mới, các kỹ thuật gây giống thực vật và động vật tiên tiến và các liệu pháp, vắc-xin để chữa trị và phòng ngừa bệnh thú y.
2.2.1. Thực vật
- Các loại cây trồng mới
CNSH được sử dụng để phát triển các loại cây lương thực, thức ăn cho gia súc, lấy sợi có các đặc điểm di truyền có giá trị thương mại. Một phương pháp là sử dụng biến đổi gen (GM) để chuyển giao vật liệu di truyền tới các loài không thể lai giống. Các phương pháp khác chỉ sử dụng vật liệu di truyền của các loài có khả năng tự lai giống tự nhiên, ví dụ như sắp xếp gen và tái cấu trúc nội gen (gene shuffling và intragenics). Các CNSH ví dụ như chọn lọc dựa vào chỉ thị đánh dấu phân tử (MAS), sử dụng các đánh dấu sinh học hay hoá học để xác định các đặc điểm, có thể được sử dụng để cải thiện độ chính xác và giảm thời gian cần để phát triển các loại cây mới dựa trên các kỹ thuật sinh sản thông thường.
Cả chương trình nghiên cứu Biến đổi gen và phi Biến đổi gen đều tập trung vào một hoặc những đặc điểm sau:
-    Chịu được thuốc diệt cỏ (HT): cho phép thực vật kháng lại những hiệu ứng của các thuốc diệt cỏ chuyên biệt. HT được phát triển bằng cách sử dụng cả công nghệ GM và các kỹ thuật chăn nuôi khác.
-    Chống được các loài gây hại: cải thiện khả năng chống chịu các côn trùng, virut, vi khuẩn, nấm mốc và giun tròn gây hại cho thực vật.
-    Các đặc điểm nông học: cải tiến năng suất, tăng sức đề kháng với các điều kiện khắc nghiệt như độ nóng, lạnh, hạn hán và độ mặn.
-    Các đặc trưng chất lượng sản phẩm: gồm màu sắc hoặc hương vị được biến đổi, thành phần dầu hoặc tinh bột được biến đổi làm cải thiện giá trị dinh dưỡng hoặc các đặc điểm chế biến, và sản xuất các chất công nghiệp và y học có giá trị.
-    Các đặc điểm kỹ thuật: ví dụ các chất chỉ thị hoá học rất cần thiết đối với các chương trình lai giống, nhưng không có giá trị thương mại đối với người  trồng.
Mặc dù các giống biến đổi gen  của hơn chục loài thực vật khác nhau đã được luật pháp chấp nhận ở nhiều nơi trên thế giới, nhưng phần lớn cây biến đổi gen là cây bông, ngô, hạt cải dầu và đậu tương. Nhiều nơi trên thế giới, cả các nước OECD lẫn không thuộc OECD đã sử dụng thực vật biến đổi gen, với các cây trồng GM được canh tác ở 10 nước OECD và ở 13 nước không thuộc khối OECD trong năm 2007. Tính trên toàn cầu, cây trồng GM đã được canh tác trên  khoảng 107 triệu héc-ta trong năm 2007, chiếm xấp xỉ 9% diện tích đất canh tác tất cả các loại cây trồng, xấp xỉ 1/3 cây trồng là của 4 loại cây GM được nêu trên. Mặc dù hầu hết các giống cây GM thương mại đều được phát triển ở các nước OECD, nhiều nước đang phát triển cũng rất tích cực trong việc sử dụng CNSH để cải thiện các giống cây trồng. Cơ sở dữ liệu FAO-BioDeC liệt kê 1678 dự án cây trồng không sử dụng công nghệ GM và 929 dự án cây trồng GM ở 88 nước. Xấp xỉ 8,5% dự án phi GM và 6,2% dự án GM đều dẫn tới các giống cây được thương mại hoá. Các cây trồng GM trọng điểm chính (bông, ngô, hạt cải dầu và đậu tương) chiếm hầu hết tất cả các giống GM được thương mại hoá cũng như chiếm phần lớn trong số cây trồng GM. NC&PT cũng được thực hiện ở các nước đang phát triển. Các đối tượng nghiên cứu khác gồm rỉ đường, lúa mạch, chuối, cà phê, quả cà, dầu cọ, dứa, khoai lang và các giống đậu khác.
- Lâm nghiệp
Việc áp dụng GM vào lâm nghiệp tương đối chậm so với cây trồng GM. Nguyên nhân là do mức độ di truyền phức tạp của các loại cây lâm nghiệp, thời gian trồng trọt dài và đòi hỏi nhiều yêu cầu biến đổi gen đối với hầu hết các đặc điểm di truyền. Hầu hết, tất cả các chương trình CNSH dành cho các loài cây lâm nghiệp đều ở giai đoạn nghiên cứu, ngoại trừ chương trình vườn ươm cây dương GM của Trung Quốc. Mặc dù các thử nghiệm trong lĩnh vực GM về các đặc điểm di truyền có giá trị thương mại trong lâm nghiệp được tiến hành ở những khía cạnh như: các đặc điểm chất lượng, mức độ chịu thuốc diệt cỏ và chống côn trùng gây hại, nhưng phần lớn các thử nghiệm là về các đặc điểm di truyền kỹ thuật không có mục đích thương mại hoá mà mang ý nghĩa hỗ trợ nghiên cứu sâu hơn. Tuy nhiên, tốc độ nghiên cứu cây lâm nghiệp GM đã tăng. Theo tài liệu phân tích của OECD, hơn 387 thử nghiệm lĩnh vực GM được tiến hành với các loài cây lâm nghiệp trong giai đoạn 2000-2007, so với chỉ có 93 thử nghiệm được tiến hành giai đoạn 1987-2000.
CNSH hiện được sử dụng để phát triển các loại cây có chất gỗ được biến đổi, có khả năng làm giảm chi phí sản xuất giấy, đặc biệt là đối với loại giấy đặc biệt. Các loại cây sinh trưởng nhanh để lấy gỗ thanh, bột giấy, giấy và sản suất nhiên liệu sinh học cũng là một mục tiêu quan trọng. CNSH cũng được áp dụng vào lĩnh vực nhân giống cây. Mục tiêu là nhân giống các cây con giống nhau về mặt di truyền của các cây có tính năng di truyền siêu đẳng. Các công nghệ nhân giống dựa trên CNSH, đôi khi kết hợp với MAS, có thể đẩy mạnh tiến độ của các chương trình gây giống cây. Một kỹ thuật phổ biến là vi nhân giống (micropropagation), cho phép việc nhân giống nhanh các loại cây từ việc nuôi cấy mô. Công nghệ này hiện đã được thương mại hoá.
Các nước đang phát triển cũng đã áp dụng CNSH vào lâm nghiệp, với nhiều ứng dụng được thương mại hoá. Cơ sở dữ liệu FAO-BioDeC có chứa 810 dự án nghiên cứu phi GM và 46 dự án GM liên quan tới lâm nghiệp. Vi nhân giống và nuôi trồng thực vật dựa trên CNSH chiếm tương ứng tới 51% và 33% các dự án nghiên cứu phi GM, trong khi phần còn lại của dự án nghiên cứu lâm nghiệp là về chẩn đoán hoặc thuốc trừ sâu sinh học và phân bón. Hơn 41% nghiên cứu lâm nghiệp GM là ở các nước đang phát triển, tập trung vào khía cạnh chống chịu sâu bọ, 13% là về khía cạnh chống chịu vi khuẩn và nấm mốc, 11% là về khía cạnh chịu mặn, còn 4% là về hàm lượng lignin/chất lượng gỗ.
- Chẩn đoán bệnh thực vật
Chẩn đoán có thể xác định dịch bệnh của cây trước khi nó có thể gây ra tổn thất cho nền kinh tế, cho phép nông dân có thể xử lý các cây trồng bị bệnh bằng thuốc diệt sâu bọ hoặc ngăn ngừa sự lan rộng của dịch bệnh. Một số phương pháp chẩn bệnh thông qua sự hiện diện của các protein hay các gen cụ thể (ví dụ một kháng thể) đang được sử dụng để phát hiện dịch bệnh ở cây. Hiện đã có thể chẩn đoán được 954 loại bệnh thực vật, trong số đó 90% là về vi khuẩn, nấm và các ký sinh gây ra virut.
2.2.2. Động vật
CNSH có ba ứng dụng chính đối với gia súc, gia cầm và thuỷ sản, đó là: gây giống, nhân giống và chăm sóc (chẩn đoán và chữa trị). Các CNSH (như MAS và GM) được sử dụng trong nuôi trồng thực vật cũng có thể được áp dụng vào chăn nuôi động vật. Ngoài ra, chẩn đoán có thể được sử dụng để xác định các căn bệnh di truyền nguy hiểm, nhằm loại bỏ các con vật bị bệnh ra khỏi đàn chăn nuôi. Các liệu pháp sinh học, do chi phí cao, chủ yếu được sử dụng cho động vật thuần hoá (vật nuôi trong nhà) hoặc gia súc có giá trị.
- Gây giống động vật:
Ứng dụng thương mại lớn nhất của CNSH đối với gây giống động vật là sử dụng MAS để cải tiến độ chính xác và tốc độ của các chương trình gây giống thông thường. Công nghệ này được sử dụng rộng rãi ở các nước OECD và các nước không thuộc OECD. NC&PT đối với gây giống các động vật GM nhằm mục đích sản xuất ra các hợp chất mong muốn trong sữa hoặc máu của chúng, cải thiện các tính chất thực phẩm, hoặc phổ biến các đặc điểm di truyền làm giảm một số tác động có hại lên môi trường của việc chăn nuôi động vật quy mô lớn.
- Nhân giống:
Nhân bản chuyển nhân tế bào thường là kỹ thuật sinh học tiên tiến chủ yếu được sử dụng để nhân giống động vật. Kỹ thuật này bao gồm việc loại bỏ nhân của một tế bào trứng và thay nó bằng một nhân (và ADN) của một cá thể khác cùng loại. Con vật được nhân bản giống hệt với con vật tặng ADN. Mặc dù chi phí đang và sẽ giảm, nhưng kỹ thuật này quá tốn kém để được sử dụng rộng rãi cho gây giống
- Chẩn đoán và chữa trị thú y:
Lĩnh vực chẩn đoán bệnh động vật dựa trên các xét nghiệm miễn dịch và di chuyền được phát triển cho người, với sự biến đổi rất nhỏ. Có hai thị trường chính cho chẩn đoán bệnh động vật: vật nuôi trong nhà và gia súc trang trại.
Năm 2007, 160 bộ kit chuẩn đoán thú y sử dụng 69 phương pháp khác nhau, trong đó 39 phương pháp dựa trên CNSH, được đưa ra thị trường để phát hiện 57 bệnh dịch. Các bộ kit chẩn đoán bệnh hiện có thể chẩn đoán được 26 trên 91 bệnh mà Tổ chức Thú Y Thế giới (OIE) coi là "tác động xấu tới kinh tế xã hội và gây ra hậu quả cho sức khoẻ cộng đồng". Hiện tại, việc phát triển các phương pháp chẩn đoán thú y đang tăng lên, thể hiện ở hơn 1/3 của 160 phương pháp chẩn đoán trên thị trường trong năm 2007 là được phát triển trong giai đoạn 2002 tới 2007, nhưng phần lớn không dựa trên CNSH.
CNSH cũng đóng góp vào một số phương pháp chẩn bệnh đối với thuỷ sản. Những phương pháp này sử dụng ADN để phát hiện các virut gây bệnh ở các loại giáp xác và cá nuôi ở trang trại. Ngoài các ứng dụng này, CNSH cũng có một số ứng dụng đối với các nguồn thuỷ sản, ví dụ như cá tự nhiên, động vật thân mềm và các loài thuỷ sản khác.
2.3. Các ứng dụng CNSH trong y tế
CNSH được ứng dụng vào ba lĩnh vực chính của y tế, gồm: chữa trị, chẩn đoán và dược gen học. Ngoài ra, còn có hai lĩnh vực khác mà CNSH còn có thể được ứng dụng đối với lĩnh vực y tế, đó là Dược phẩm dinh dưỡng và Thực phẩm chức năng (FFN) và các thiết bị y tế.
2.3.1. Chữa trị
- Các liệu pháp chữa trị sử dụng CNSH có thể được chia thành 3 nhóm:
-    Dược sinh học: là các liệu pháp đại phân tử với trọng lượng của phân tử từ vài ngàn cho tới vài chục ngàn dalton. Các liệu pháp này bao gồm các kháng thể đơn dòng (mAbs) và các phiên bản tái tổ hợp của các protein, axit amin, vắc-xin, các enzym và các hóc-môn.
-    Các phương pháp điều trị thử nghiệm: bao gồm một nhóm các CNSH khác nhau có rất ít sản phẩm trên thị trường, ví dụ, kỹ thuật mô, vắc-xin liệu pháp, nghiên cứu tế bào gốc, gen, antisense, và liệu pháp RNAi.
-    Các liệu pháp điều trị tiểu phân tử (SM): các thuốc tiểu phân tử thường được tạo ra thông qua quá trình tổng hợp hoá học. CNSH có thể được sử dụng để xác định các mục tiêu liệu pháp, để cung cấp một phương tiện sàng lọc một cách hiệu quả hơn các phân tử có tiềm năng làm thuốc trong nghiên cứu tiền lâm sàng. Tri thức CNSH có thể được ứng dụng để phát triển, sản xuất, thử nghiệm và quản lý việc sử dụng thuốc SM. Ứng dụng này tạo ra các cơ hội để cải thiện năng suất phát triển thuốc SM theo bốn cách sau: truyền thuốc, thử nghiệm lâm sàng, sản xuất, chăm sóc bệnh nhân.
2.3.2. Chẩn đoán
Các xét nghiệm chẩn đoán dựa trên CNSH hiện đại được sử dụng để xác định các bệnh di truyền và không di truyền. Chẩn đoán có thể trên vật chủ sống (in vivo) hoặc nuôi cấy trong phòng thí nghiệm (in vitro). In vivo dựa trên CNSH có thị trường tương đối nhỏ và phần lớn nhằm mục đích phát hiện bệnh ung thư. Ngược lại, thị trường chẩn đoán in vitro (IVD) tương đối lớn. Các quy định đối với chẩn đoán in vitro thường đỡ khắt khe hơn so với chẩn đoán  in vivo bởi vì chẩn đoán in vitro thường được coi là không gây hại cho sức khoẻ. Nói chung, có hai loại xét nghiệm chẩn đoán in vivo dựa trên CNSH: miễn dịch học (dựa trên sự chuyên biệt trong việc kết hợp với một phân tử mục tiêu của các kháng thể) và di truyền phân tử (dựa trên các tính chất liên kết của các chuỗi gen tương đồng). Các kháng thể chuyên biệt với một phạm vi rộng các phân tử có thể được tạo ra và sử dụng để dò ra các dấu hiệu bệnh tật hoặc để phát hiện các chất lạ ở nhiều loại chất lưu của con người, như máu hoặc nước tiểu. Các xét nghiệm di truyền có thể xác định các gen chuyên biệt và xác định sự hiện diện hoặc vắng mặt của các đột biến hoặc các thay đổi khác ở vật liệu di truyền của một cá thể.
2.3.3. Dược di truyền  học
Dược di truyền học nghiên cứu cách thức tương tác giữa gen và thuốc. Phương pháp này sử dụng các chẩn đoán và tin sinh học để xác định các tiểu nhóm phản ứng hoặc không phản ứng với các thuốc cụ thể. Công nghệ này có thể mở đường cho các liệu pháp y tế cụ thể hơn.
OECD đã xác định ba cách thức theo đó dược di truyền học hiện được ứng dụng vào thực hành lâm sàng:
-    giúp xác định các chất phản ứng và chất phi phản ứng đối với một phương pháp điều trị
-    hỗ trợ việc xác lập các liều thích hợp cho các chất phản ứng;
-    xác định tính nhạy đối với một số phản ứng nghịch thuốc  (ADR) và có thể loại một số bệnh nhân khỏi phác đồ điều trị
Việc sử dụng rộng rãi dược gen học và dược di truyền học có thể dẫn tới các loại thuốc cá nhân hoá, trong đó loại thuốc và liều dùng theo đơn được xác định bởi hệ gen của một cá thể. Việc sử dụng những công nghệ này trong bào chế và phát tán thuốc có thể làm giảm thời gian và chi phí bào chế thuốc, do nhờ các thử nghiệm lâm sàng cụ thể và nhỏ hơn và thời gian cấp phép lưu hành cho thuốc ngắn hơn. Lợi ích đối với việc chăm sóc sức khoẻ bao gồm các liều lượng hiệu quả hơn, được cá nhân hoá và ít phản ứng phụ.
2.3.4. Dược phẩm dinh dưỡng và Thực phẩm chức năng (FFN)
CNSH được sử dụng để phát triển các loại thực phẩm chức năng bằng các loại dầu và quả như cà chua có các mức kháng ôxi hoá cao ví dụ như lycopene và anthocyanin, là các loại chất được cho là có khả năng chống ung thư và các bệnh tim mạch.
2.3.5. Các thiết bị y tế
Thiết bị y tế bao gồm các dụng cụ và thiết bị phẫu thuật, chẩn đoán nuôi cấy trong phòng thí nghiệm (in vitro), kỹ thuật mô, các dụng cụ và sản phẩm chụp hình y tế và các sản phẩm tác động tới cấu trúc sinh học của một cá thể nhưng không tạo ra các hiệu ứng thông qua phản ứng hoá học hoặc sinh học (ví dụ, cấy ghép, bộ phận giả, thần kinh giả để phục hồi thị lực, thị giác hoặc vận động chức năng, máy kiểm soát nhịp tim, bơm truyền và các máy thẩm tách). Nhiều thiết bị y tế không liên quan tới CNSH, nhưng kỹ thuật mô và nhiều phương pháp chẩn bệnh có liên quan tới CNSH. Một dạng khác của thiết bị y tế là cảm ứng sinh học sử dụng các protein để dò ra các phân tử. Các bộ cảm ứng sử dụng các enzym có thể làm trung hoà các phản ứng hoá học để chỉ ra sự hiện diện của các chất mà không bị hỏng. Các cảm ứng sinh học dựa trên enzym hiện đang được sử dụng với các bơm insulin để giám sát các mức glucô ở người mắc bệnh tiểu đường.
2.4. Các ứng dụng của CNSH trong công nghiệp
CNSH công nghiệp được sử dụng trong việc sản xuất các hoá chất và các vật liệu sinh chiết suất, với các ứng dụng phụ trong lĩnh vực khai mỏ và khai thác tài nguyên. Có rất nhiều ứng dụng công nghiệp dựa trên các enzym được sản xuất từ các vi sinh vật GM hoặc được lựa chọn bởi CNSH hiện đại.
2.4.1. Sản xuất hoá chất
CNSH có thể được sử đụng để sản xuất những khối lượng lớn nhiên liệu sinh học, các hoá chất chuyên dụng và hoá chất thô, bao gồm các enzym, dung môi, các axit amin, các axit hữu cơ, các vitamin, thuốc kháng sinh, các polime sinh học. Đối với sản xuất hoá chất, các quy trình CNSH có thể thay thế cho một hoặc nhiều bước hoá chất. Vì vậy, chúng có nhiều lợi thế đối với các phương pháp tổng hợp hoá chất thông thường, bao gồm nhiều bước phản ứng đặc trưng hơn, đòi hỏi các điều kiện sản xuất ít hơn (như nhiệt độ và áp suất thấp hơn, các điều kiện pH dịu hơn) và các đầu vào năng lượng, chất thải và tác động tới môi trường thấp hơn. Bất chấp những lợi thế này, việc áp dụng CNSH vào sản xuất hoá chất vẫn còn hạn chế, do chi phí cao của các enzym hay các lò phản ứng sinh học và chi phí của việc xây dựng hoặc cải tạo các cơ sở sản xuất để sử dụng CNSH. Bộ Nông nghiệp Mỹ (USDA) ước tính các quy trình CNSH sản xuất 1,77% sản lượng hoá chất toàn cầu ước tính trị giá 1,2 nghìn tỷ USD trong năm 2005. Các nghiên cứu hiện đang tập trung vào việc đưa CNSH cạnh tranh hơn về mặt chi phí thông qua các phương pháp sản xuất cải tiến, biến đổi gen và kỹ thuật tuyến trao đổi chất và phát triển các quy trình lên men.  
2.4.2. Sản xuất vật liệu sinh học
Ngoài các vật liệu sinh học thông thường như gỗ và bông, các hoá chất sinh học có thể được sử dụng để đóng gói, làm hộp đựng, vải và các loại hàng tiêu dùng lâu bền (vỏ linh kiện điện tử và các bộ phận xe ô tô). Ứng dụng quan trọng nhất của vật liệu sinh học hiện nay là chất dẻo sinh học được sản xuất từ polime sinh học, một số có thể phân huỷ, một số không phân huỷ nhưng có thể tái chế. Hiện tại, việc phát triển các chất dẻo sinh học có thể phân huỷ phát triển hơn chất dẻo không phân huỷ. Một số chất dẻo sinh học, gồm các polime dựa trên ngô phổ biến nhất, có thể được sản xuất mà không cần CNSH hiện đại, nhưng các loại khác đòi hỏi quá trình lên men tiên tiến hoặc các vi sinh vật thiết kế để sản xuất các polime và các đơn phân (các khối kiến tạo của polime). Ngoài ra, các tiến bộ của CNSH nông nghiệp, đặc biệt là các công nghệ liên quan tới các đặc điểm chất lượng sản phẩm, có khả năng làm tăng chất lượng của các thành phần thực vật nào đó, cũng có tác động tích cực lớn tới sản xuất polime sinh học bằng cách tăng sản lượng.  Ước tính sản lượng chất dẻo sinh học năm 2008 của thế giới đạt từ 300.000 tấn mét (theo số liệu của European Bioplastic, 2008) lên gần 600.000 tấn mét (USDA, 2008).
2.4.3. Các enzym công nghiệp
Các enzym là các protein có thể xúc tác lặp lại nhiều lần trong các phản ứng sinh hoá mà không bị tiêu huỷ bởi các phản ứng đó. Ngoài việc đang được sử dụng để sản xuất các hoá chất, chúng còn được sử dụng rất nhiều trong thực phẩm, thức ăn cho gia súc, chất tẩy rửa, dệt, nhiên liệu sinh học, sản xuất bột giấy và giấy. Việc sử dụng các enzym để thay thế sử dụng các hoá chất có tác động lớn tới việc giảm tác động tới môi trường của các quy trình sản xuất công nghiệp, ví dụ phát thải CO2 thường giảm nhờ việc tiêu thụ năng lượng thấp hơn khi các quy trình sản xuất được thực hiện ở nhiệt độ thấp.
2.5. Các ứng dụng bảo vệ môi trường
CNSH có thể được sử dụng ở lĩnh vực dịch vụ môi trường để phục hồi hoặc giám sát các điều kiện môi trường. Hai ứng dụng chính gồm:
-    Phục hồi sinh thái (bioremediation): sử dụng các vi sinh vật để làm giảm, loại trừ, kiềm chế hoặc chuyển hoá các chất ô nhiễm sản phẩm lành có trong đất, cặn lắng, nước hay không khí
-    Các bộ cảm ứng sinh học: Các thiết bị "sử dụng một tác nhân sinh học cố định (một enzym, kháng thể, cơ quan tế bào hoặc toàn bộ một tế bào để phát hiện hoặc đo một hợp chất hoá học" (định nghĩa của Bộ Năng lượng Mỹ).
Các công nghệ phục hồi sinh thái đã được sử dụng trong nhiều năm nay và hình thành nên một nền tảng công nghệ của hầu hết các nhà máy xử lý nước thải hiện đại. Các bộ cảm ứng sinh học có thể được sử dụng để giám sát lâu dài các điều kiện môi trường và sinh thái. So với các cảm ứng sinh học, các cảm ứng dựa trên phân tích hoá chất thường được phát triển rẻ hơn, nhưng lại có mức chi phí tính trên mỗi lần xét nghiệm cao hơn.
Mặc dù các số liệu NC&PT đồng bộ hiện chưa có, nhưng một đánh giá của OECD về NC&PT cảm ứng sinh học ở Liên Minh châu Âu, Nhật Bản và Mỹ cho thấy lĩnh vực này nhận được rất ít đầu tư tư nhân và không có mức tăng đáng kể nào của tài trợ khu vực công. Tuy nhiên, nghiên cứu vẫn được tiến hành trong lĩnh vực này.
Ngoài phục hồi sinh thái và cảm ứng sinh học, CNSH có thể được áp dụng với vai trò phương pháp tiền xử lý các hoá chất hoặc nhiên liệu để loại bỏ bớt các chất độc hại. Ví dụ, vi sinh vật có thể được kết hợp với phương pháp xử lý hydro truyền thống để loại bỏ các hợp chất sun-phua, thủ phạm gây ra mưa axit, từ các nhiên liệu trầm tích.
2.6. CNSH đối với khai thác tài nguyên
CNSH có thể được sử dụng trong khai thác quặng kim loại và nâng cao việc thu hồi dầu, nhưng hiện nay có rất ít NC&PT về lĩnh vực này được thực hiện.
Đối với khai thác quặng kim loại, hai kỹ thuật ngâm chiết sinh học (bioleaching) và ôxi hoá sinh được sử dụng. Kỹ thuật ngâm chiết sinh học sử dụng vi khuẩn trong một dung dịch lỏng để tách kim loại ra khỏi quặng và được khai thác trong các hoạt động đào vàng và đồng. Ôxi hoá sinh sử dụng vi khuẩn để giải phóng các kim loại kết nang theo ý muốn. Hai kỹ thuật này có một số lợi thế hơn so với các phương pháp khai thác thông thường: cải tiến tỷ lệ phục hồi, chi phí năng lượng và vốn thấp, hữu ích ở các vùng xa xôi, không đòi hỏi kỹ năng cao.
CNSH cũng có thể được áp dụng trong khai thác dầu. Phục hồi dầu nâng cao bằng vi khuẩn (MEOR) sử dụng các vi sinh vật để tăng lượng dầu thu được từ các giếng dầu. Các axit và khí do vi sinh vật sản sinh ra có thể làm tăng việc khai thác dầu bằng cách giải phóng các túi khí ở đá nhiên liệu hoặc làm tăng áp lực. Tỷ lệ của dầu có thể phục hồi được từ một giếng chuẩn thông thường ở phạm vi từ 15% tới 50%, nhưng một số nhà nghiên cứu ước tính MEOR có thể làm tăng tỷ lệ phục hồi dầu tới hơn 80%. Công nghệ MEOR hiện được sử dụng ở một số lĩnh vực dầu mỏ quy mô nhỏ trong đó công nghệ này có khả năng cạnh tranh về mặt kinh tế.
2.7. Tinh chế sinh học (biorefineries)
Tinh chế sinh học là một "cơ sở tích hợp các quy trình và thiết bị chuyển hoá sinh khối để sản xuất nhiên liệu, điện và hoá chất từ sinh khối" (định nghĩa của Phòng thí nghiệm Năng lượng tái tạo Quốc gia của Mỹ). Khái niệm tinh chế sinh học tương tự với khái niệm tinh chế dầu mỏ ngày nay, vốn là quy trình sản xuất nhiều loại nhiên liệu và sản phẩm từ dầu mỏ. Nhiều ngành công nghiệp, bao gồm chế biến thực phẩm, bột giấy và giấy, đã sử dụng sinh khối để sản xuất sản phẩm với nguồn năng lượng là sản phẩm phụ. Ví dụ, một nhà máy giấy và bột giấy có thể sản xuất các loại giấy từ gỗ trong khi sử dụng nước thải và các chất cặn bã để sản xuất điện. Cũng như vậy, sản xuất ethanol từ rỉ đường dựa vào việc lên men truyền thống, còn bã mía, sản phẩm phụ của quá trình lên men đường, được đốt lên để tạo ra điện. Hiện có nhiều cơ sở tinh chế sinh học sử dụng amylaza, các enzym được các vi sinh vật biến đổi sản sinh ra, để chuyển hoá tinh bột thành đường sau đó được lên men để tạo ra ethanol. Ngoài việc sản xuất ra nhiên liệu sinh học (như ethanol, diesel sinh học) và thực phẩm cho người hoặc sản phẩm phụ cho chăn nuôi gia súc, tinh chế sinh học còn làm tăng việc sản xuất hoá chất và vật liệu sinh học. Bên cạnh đó, tinh chế sinh học cũng đang được nghiên cứu để sử dụng sinh khối phi thực phẩm hoặc tích hợp với quy trình chế biến chất thải phi thực phẩm như cỏ, các sản phẩm thải loại (các sản phẩm từ gỗ, sản phẩm nông nghiệp và nhiều loại khác) các loại vi tảo hoặc tảo biển.
2.8. Nhiên liệu sinh học
Mặc dù chưa có dữ liệu tổng thể, nhưng nhiều cơ sở tinh chế sinh học để sản xuất nhiên liệu sinh học đang được sử dụng hoặc đang được phát triển ở khu vực OECD. Tới tháng 1/2009, 172 cơ sở tinh chế sinh học ethanol được vận hành ở Mỹ đạt tổng công suất hằng năm là 40,1 tỷ lít (10,6 tỷ galông, số liệu của RFA, 2009), chiếm xấp xỉ 4,5% mức tiêu thụ tính theo galông (số liệu OECD-FAO năm 2008). Ngoại trừ 10 cơ sở tinh chế sinh học, tất cả đều sử dụng ngô làm nguồn nhiên liệu chủ yếu. Ngoài ra, 13 nhà máy sản xuất ethanol xenluloza thử nghiệm và kiểu mẫu đang được xây dựng ở Mỹ. Những cơ sở tinh chế sinh học xenluloza này được kỳ vọng là sẽ sử dụng các loại cỏ, gỗ, chất thải nông nghiệp và chất thải của đô thị để làm nhiên liệu. Nhà máy quy mô thương mại đầu tiên được kỳ vọng sẽ xây dựng xong vào cuối năm 2009 và sẽ bắt đầu sản xuất 38 triệu lit (10 triệu galông) vào năm 2010. Ngoài ra, 18 chương trình về tinh chế sinh học ở Hà Lan (gồm 1 mạng lưới tinh chế sinh học, 8 dự án NC&PT, 6 nhà máy thử nghiệm và 3 nhà máy kiểu mẫu) và 33 chương trình tinh chế sinh học ở châu Âu và Mỹ (gồm một liên doanh thương mại, 5 mạng lưới, 14 dự án NC&PT, 8 nhà máy thử nghiệm và 5 nhà máy kiểu mẫu)
Có hai giai đoạn trong sản xuất nhiên liệu sinh học sử dụng CNSH: phát triển các loại cây phục vụ cho sản xuất năng lượng sinh học (các đặc điểm nâng cao chất lượng ví dụ như nâng cao dung lượng dầu) và các quy trình mới cải tiến sự chuyển hoá sinh khối thành nhiên liệu.
2.8.1. Các loại cây dùng cho nhiên liệu sinh học
Các CNSH nông nghiệp làm tăng sản lượng cây trồng, làm giảm việc sử dụng thuốc trừ sâu và cải thiện hiệu suất nông học sẽ gián tiếp làm giảm chi phí sản xuất nhiên liệu sinh học. Các CNSH cũng có thể được sử dụng để biến đổi thành phần cấu tạo của cây trồng để sản xuất nhiên liệu sinh học hiệu quả hơn. Tuy nhiên, chỉ có một tỷ trọng nhỏ nghiên cứu nhiên liệu sinh học là tập trung vào phát triển các loài cây cải tiến dùng cho sản xuất nhiên liệu sinh học. Tổng số sáng chế về nhiên liệu sinh học đã tăng nhanh từ 147 trong năm 2002 lên 1045 sáng chế trong năm 2007. Tuy vậy, sáng chế CNSH nông nghiệp, chỉ chiếm 59 trong tổng số các sáng chế nhiên liệu sinh học năm 2006 (chiếm 9,2% tổng số sáng chế nhiên liệu sinh học năm 2006) và 51 trong năm 2007 (chiếm 4,9% tổng số của năm đó). Bất chấp số lượng sáng chế thấp, nghiên cứu các đặc điểm chất lượng sản phẩm sẽ có thể làm tăng hiệu suất và năng suất nhiên liệu sinh học. Mặc dù một số nghiên cứu trong lĩnh vực này chỉ tập trung vào nhiên liệu sinh học, nhưng các đặc điểm về cải thiện hàm lượng dầu, hạt và hàm lượng tinh bột hiện đang được thử nghiệm ở một số cây lương thực chính (ngô, đậu tương, hạt cải dầu) cũng có thể mang lại những lợi ích lớn cho việc sản xuất nhiên liệu sinh học.
Các loại cỏ và cây gỗ cũng đang được khai thác để sử dụng trong sản xuất nhiên liệu sinh học. Trong khi các cây gỗ có thể được sử dụng để sản xuất năng lượng thông qua đốt cháy (dưới dạng các viên gỗ), thì các CNSH tiên tiến mang lại triển vọng chuyển hoá cỏ và sinh khối lâm nghiệp thành nhiên liệu lỏng thông qua quy trình lên men.
2.8.2. Các quy trình sản xuất công nghiệp nhiên liệu sinh học
CNSH có thể làm giảm chi phí sản xuất nhiên liệu sinh học thông qua các quy trình CNSH công nghiệp cải tiến, làm thuận lợi cho quá trình chuyển hoá của sinh khối thành nhiên liệu hoặc năng lượng. Hai dạng nhiên liệu sinh học chính đang được sử dụng hiện nay là ethanol sinh học và diesel sinh học. Các chính sách của chính phủ, đặc biệt là các chính sách trợ cấp, đi đôi với giá năng lượng tăng cao trong giai đoạn 2004 tới 2008, đã thúc đẩy công suất sản xuất nhiên liệu sinh học tăng mạnh.
Việc sản xuất ethanol sinh học và diesel sinh học quy mô lớn đã làm dấy lên những mối quan ngại về tác động của việc sản xuất nhiên liệu sinh học lên môi trường và giá lương thực. Điều này đã thúc đẩy sự quan tâm về quy trình lên men xenluloza và việc sử dụng vi sinh vật để sản xuất nhiên liệu sinh học. Phương pháp sử dụng vi sinh vật có thể tận dụng những ích lợi từ việc sử dụng kỹ thuật con đường trao đổi chất hoặc sinh học tổng hợp để tạo ra các loại vi sinh vật có khả năng sản sinh ra rất nhiều loại nhiên liệu sinh học tiềm năng.